MBR突出的特征是占地面積小，耐沖擊負荷，出水水質優良，自動化程度高容易管理，但MBR工藝現在仍然存在的某些問題。

1 處理能力降低的風險

MBR通常在恒定通量下進行，為了持續運行要求MBR不能超過極限通量,超過這個極限會產生膜污染，那么多余的水就無法通過膜孔徑，產水率下降。很多MBR工藝在實際運行過程中隨著時間的積累，其處理能力不斷下降，很多水廠的處理能力甚至不足設計之初的50%。美國環保局認為，如果MBR工藝的進水峰值流量超過平均流量的1.5~2倍，就需設置流量調節池，或者備有大量的膜組件以保證出水水質達標。

2 投資成本與運行成本較高

如今，膜組件是MBR處理系統中主要組成部分，同時也是技術含量最高及價值最大的部分,其成本占據整體設備投入的多部分。此外，MBR需要先進的設備以滿足其自動化的要求，這也增加了其成本。浸沒式MBR工藝，需加大曝氣強度，造成能耗上升。另外，膜組件壽命有限，達到一定使用年先后需更換膜組件。據分析，國內MBR投資成本在2000~2500元/m3，是傳統活性污泥法項目建設成本的1. 5倍左右。

3 預處理與自控系統設計不足而產生的風險

通常MBR工藝需先經過預處理再進入膜處理反應器內。預處理不到位或者不經預處理便進入膜反應器內必會產生嚴重的后果。MBR工藝自動化程度比傳統活性污泥工藝高很多，膜組件需定期清洗、組裝甚至是更換，為保證出水水質，對水廠PLC控制系統有較高要求。